Roku 1541 byly Zákupy Ferdinandem I. na přímluvu Zdislava Berky povýšeny na město a obdržely městský znak: štít modré barvy, na něm dvě stříbrné věže se špičatými střechami a otevřenými branami, mezi střechami štít Berků z Dubé zlaté barvy se dvěma černými zkříženými ostrvemi.

Roku 1581 císař Rudolf II. potvrdil městský charakter Zákup i znak a udělil městu pečeť s právem pečetit zeleným voskem. Na pečeti bylo použito téhož symbolu jako v městském znaku. Prapor získalo město až v roce 1994. Mezi dvěma okrajovanými modrými pruhy nese na středovém žlutém pruhu dvě černé zkřížení ostrve.